Die Waldflora ist der vorwiegende Vegetationstyp. Während der langanhaltenden Entwicklung in den Nacheiszeiten geformt prägt sie heute die Landschaft. Für die Gebirgsladen des Šumava sind die Hochlagenfichtenwälder, saueren und blütenreichen Bergbuchenwälder charakteristisch. Die gebietsbezogene Verteilung entspricht mehr oder weniger den Höhenvegetationsstufen.
Dreiseenfilz
Das naturnahe Waldbild dieser zonalen Waldgesellschaften wurde jedoch durch die langandauernde forstliche Nutzung verändert und die Höhenstufung ist vielerorts durch Fichtenanbau oder Entwaldung verwischt. Die Waldvegetation stellt vielerorts ein breites Mosaik darvon den stark veränderten Waldgemeinschaften bis zu den naturnahen Waldbeständen auf mehreren Standorten des Šumava (Boubín, Smrčina, Stožec usw.).
1.Bedeutendes Vorkommen
von den für die Vegetationsstufung des Šumava typischen Waldpflanzenarten der:
-Fichtenbuchenwälder (750 m - 1100 m)
-Buchenfichtenwälder (1100 m - 1200 m)
-Hochlagenfichtenwälder (ab 1200 m)
2.Niedrigerer Artenreichtum
abhängig von der kristallinischen kalkarmen Gesteinsunterlage (Granit, Gneis).
3.Bereicherung der Flora mit den "alpinen" Arten
in den Nacheiszeitperioden (z.B. Böhmerwald- Enzian, Weißer Germer, Frühlings-Krokus).
4.Vorkommen der boreomontanen und arktoalpinen Arten
-sog. glazialen Relikten - z.B. Zwergbirke, Dreispaltige Binse oder Wasserfarn Igelsporiges Brachsenkraut.
5.Bedeutendes Vorkommen verschiedener Typen der azonalen Pflanzengesellschaften
(bedingt durch extreme Bodenverhältnise und hohes Grundwasserspiegel):
-Moore, Talauen mit der baum - sowie strauchartigen Moorkiefer (Spirke)
-Hochmoore (Filze)
-Geröllhänge, Blockmeere mit den relikten Kiefernwäldern
-Gletscherseenkare - natürliche Freiflächen bis seltene subalpine Pflanzengesellschaften unterhalb der Waldgrenze.
6.Waldblößen - Pflanzengesellschaften
auf den früher extensiv landwirtschaftlich genutzten Flächen. Hierher gehören besonders die durch menschliche Nutzung bedingten Wiesenflächen (Feucht-, Naß- und Moorwiesen), Buntwiesen und Weiden auf den trockeneren Standorten, austrocknende Grasgemeinschaften, moorige und steinreiche Heideflächen usw.).
Enzian
Solche Wiesen - und Weidegesellschaften blieben nur z.T. erhalten, vor allem in den höher gelegenen und bis vor kurzer Zeit beschränkt zugänglichen Gebieten mit teils ungestörter Entwicklung. Hier sind die wichtigsten Vorkommen der meisten geschützten und gefährdeten Pflanzenarten konzentriert. Der überwiegende Teil dieser ehemaligen Wiesen und Weiden wurde im Zusammenhang mit der Nachkriegsentwicklung der Natur überlassen, teilweise wurde aufgeforstet oder wurden die Flächen landwirtschaftlich genutzt, vorwiegend durch Beweidung oder Mahd. Als Folge dieser Entwicklung kam einerseits zur Degradation von Kulturwiesen, einschließlich Verfall der botanisch bedeutenden Gesellschaften und Verarmung der Artenvielfalt, andererseits entwickelt sich mancherorts ein einzigartiges Sukzessions-Mosaik, das nicht nur aus ornitologischer Sicht, sondern auch als Referenz-Fläche mit hohem Forschungswert wichtig ist. Die einstigen Truppenübungsfreifächen besiedeln oft gefährdete konkurenzschwache Pflanzearten. Die stark vernäßten Standorte zeigen die Merkmale von regenerierenden Wiesenmooren. Der Pflanzenreichtum des Šumava liegt nicht in hohen Artenzahlen und breiter Artenvielfalt. Beachtenswert ist jedoch die Vielfältigkeit und mosaikartige Vernetzung von naturnahen sowie menschlich beeinflußten Lebensgemeinschaften. Im Kontrast dazu stehen die erhaltenen einmaligen Naturgemeinschaften der extremen Standorte (Moore, Seekare, Urwaldreste).
